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电脑小白如何入门生信
大家好,我是谢大飞(全网同名hhh),也是公众号生信漫漫学的作者。
很荣幸能有机会在老师的邀请下来和大家分享一下我的生信入门经历,其实之前也有分享过生信小白如何入门,也在B站上面分享过自己做转录组分析以及写论文的一些经验。
可能在不熟悉的师弟师妹看来我已经是个生信入门级学徒了,但我没有和大家说的是,其实我在读研究生之前联电脑都没有接触过。考上研知道自己要学生信的时候,才花三千块钱买了一台笔记本电脑。
生信学习经历
其实真的很感谢当时选择调剂的决定,从而能遇到我的导师,进而开启了生信学习之路。
研究生没有入学之前,导师就安排师兄线上给我们讲解如何画进化树,此处cue一下我师兄,也就是江湖人称卖萌哥,现在在技能树讲的萌老师。
第一次接触进化树的时候,用到的是电脑自带的命令管理器,当时对在黑框框里面输入命令读取文件一窍不通,按照师兄教的步骤运行都还是报错了,甚至解压不开当时他给我们分享的压缩文件。
后来提前去学校之后,在导师的远程指导以及师兄的安排下,开始正式学习生信,我记得当时看的是山东大学的生物信息学的课程,然后当时师兄也给我推荐了B站一些up主,比如生信技能树、生信曲线、学什么不好非得学生物。但我学习进度很慢,磨磨唧唧的学完了生物信息学的课程已经差不多开学了。
后来又接触到小洁老师组织的生信星球学习小组,在每日作业的引领下算是慢慢接触了R语言和的基本命令,也慢慢开始整理分享自己的学习笔记,当时应该是坚持学完了全程,因为学完发了笔记会获得奖励hhhh
通过生信学习小组入门之后,我就开始慢慢学习了转录组分析流程和网页编程语言html等,因为研究方向是偏植物的,所以很多技能树上的文章我当时都还看不懂,就也没有仔细去研读过。
与技能树的渊源
真正开始技能树并且跟着学习应该是研三上学期参加秋招之后,我发现想去的生信工程师岗位,基本上都是医学或者肿瘤方面的。
所以我开始正式跟着技能树学习,第一次全程跟下来的课程是去年十一月份,小郭老师开设的肿瘤外显子数据分析的课程,因为我也是做重测序数据中变异位点信息挖掘的,所以还算是熟悉GATK的一个分析流程。
(这个目前尚未开放新课程,暂时无法报名,未来敬请期待)
但是跟完之后发现,我虽然能完成数据分析的流程,但却并不能理解肿瘤外显子的一些结果及需要关注的内容,加上后来研三毕业压力太大就又搁置了学习。
直到上半年完成了小论文的发表,以及将毕业论文送盲审之后有点时间了,我又参加了小洁老师主讲的数据挖掘的课程,开始系统的学习R语言,让我对以前用到的一些命令,以及遇到的报错有了更加明晰的理解,也整理相应的笔记发在了公众号上。
但还是由于专业的差异,到了GEO数据挖掘部分,我很明显的就感觉到了吃力,对于用到的代码以及GEO数据库,我除了课上要仔细听之外,还需要自己去尝试理解GEO数据库,还好有小洁老师和曾老师耐心的指导和鼓励,让我有信心去学习一个新的知识。每次将整理好的笔记发在学习群里的时候,小洁老师和曾老师总会鼓励和表扬我hhh,让我有了坚持下去的动力。
目前数据挖掘的课程差不多快跟完了,又加入了生信入门班的学习,同时也在跟着生信技能树的课程和推文在慢慢的学习单细胞。
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小鼠
如果说研究生阶段的导师帮助我了解学习生信,并且鼓励我完成了研究生学业,那么曾老师和小洁老师就是我生信学习路上的指引者,已鼓励的教学方式,让我有信心去学习一个全新的领域。
虽然说隔行如隔山,但我相信在生信技能树的陪伴以及老师们的指导和鼓励下,我一定能在生信学习的路上越走越远的!
也祝生信技能树越来越好,祝各位想要学习生信的小伙伴都能顺顺利利!